Dans Spider-Man: Edge of Time, les joueurs carbureront à l'adrénaline au cours d'une aventure intense où ils incarneront Amazing Spider-Man et Spider-Man 2099. Les deux hommes-araignées devront franchir la barrière temporelle et unir instamment leurs forces pour survivre et empêcher un événement catastrophique menant à la mort d'Amazing Spider-Man. Doté en arrière-plan d'une riche histoire conçue par nul autre que l'écrivain chevronné de renom Peter David, le jeu prend place à deux époques distinctes évoluant en parallèle et compte des moments de «cause à effet». À certains instants, le jeu utilise le principe de l'image dans l'image (picture-in-picture) qui permettra aux joueurs de constater les répercussions immédiates des actions du Spider-Man du présent sur le Spider-Man du futur et son environnement.