Co-écrit par Zak Penn, le scénariste des films X2: X-Men United et X-Men: The Last Stand, et le légendaire auteur de bandes dessinées Chris Claremont, X-Men: The Official Movie Game fait la lumière sur les événements du film X-Men: The Last Stand, son intrigue étant située entre les 2e et 3e films. Pour la première fois, les joueurs peuvent faire pleinement usage des pouvoirs de héros X-Men s'étant illustrés dans les films, en assumant les rôles de Wolverine, Nightcrawler et Iceman. Les joueurs peuvent exercer et améliorer leurs pouvoirs uniques alors qu'ils doivent évoluer dans des environnements spécialement conçus pour leur permettre d'exploiter leurs pouvoirs de supers-héros. Assistés par d'autres X-Men, les joueurs pourront déchaîner la rage de Wolverine au combat, expérimenter les pouvoirs de téléportation et les talents acrobatiques de Nightcrawler et surfer dans les airs sur les vagues de glace créées par Iceman.